Eksperci podatkowi zwracają uwagę na pewne ograniczenia aplikacji MF.
Piotr Juszczyk uważa, że bezpłatne narzędzie MF może być wystarczające do typowej współpracy B2B, gdzie wystawiamy jedną fakturę miesięcznie. — Przy większej liczbie w mojej ocenie narzędzie może okazać się niewystarczające. Nie oznacza to, że podatnik sobie z nim nie poradzi. Problem w tym, że może ono znacznie wydłużać czas spędzony na wystawianiu faktur. Dziś podobną sytuację mamy z plikiem JPK, gdzie jednak zdecydowana większość podatników korzysta z zewnętrznych aplikacji. Dają one duży komfort przedsiębiorcom – przekonuje Piotr Juszczyk.
Podobnie aplikacje MF ocenia Kajetan Kubicz, senior associate i adwokat w LTCA. Również jego zdaniem darmowe narzędzie ministerialne spełni oczekiwania wyłącznie części podatników – głównie osób prowadzących jednoosobową działalność gospodarczą, które współpracują z jednym, ewentualnie kilkoma kontrahentami i mają małą liczbę faktur w miesiącu. – Dla takich osób darmowe API będzie dobrym rozwiązaniem i pozwoli zaoszczędzić koszty wdrożenia oprogramowania komercyjnego. Takie rozwiązanie będzie przydatne dla osób, które np. zamieniły umowę o pracę na kontrakt B2B – uważa Kajetan Kubicz.